曇天に笑う

明治維新後の滋賀県・大津。300年に1度曇り空が続く日、世界を滅ぼす破壊の神・オロチ(大蛇)が復活し、人々に災いをもたらすという伝説があった。

大蛇復活の年、その力を阻止するために立ち上がった曇神社を継ぐ曇家（くもうけ）の長男の曇天火(福士蒼汰)、次男の空丸（中山優馬）、三男の宙太郎（若山耀人）の曇天三兄弟が立ち上がる。一方、明治政府右大臣・岩倉具視の直属部隊・犲（ヤマイヌ）も大蛇の力を再び封印し、日本に平和をもたらそうとしていた。

しかし、大蛇の力を手に入れ明治政府を転覆させるため動き出した最強の忍者集団・風魔一族の暗躍により、曇天三兄弟の行く手は阻まれてしまう。曇天三兄弟と犲、風魔一族が三つ巴の戦いが繰り広げられる。